GKI SW Jateng bekerjasama dengan Sinode GKJ dalam berbagai bidang pelayanan : persekutuan, kesaksian & pelayanan, pembinaan, dan penatalayanan.
Kebersamaan dalam kerjasama dengan Sinode GKJ juga melalui pengelolaan beberapa lembaga/yayasan wadah pelayanan sebagai berikut :

A. Lembaga Pembinaan dan Pengaderan (LPP) Sinode GKJ dan GKI SW Jateng
B. Lembaga Perencanaan dan Pembinaan Pendidikan Sinode (LP3S)
C. Yayasan Pendidikan Kristen (YPK) Sinode GKJ dan GKI SW Jateng
D. Yayasan Kristen untuk Kesehatan Umum (Yakkum)
E. Yayasan Sekolah Guru Kristen (YSGK)
F. Komisi Beasiswa Sinode GKJ dan GKI SW Jateng

Disamping lembaga/yayasan diatas, kebersamaan kerjasama dengan Sinode GKJ juga dalam pengelolaan (bersama gereja-gereja lainnya) dalam :
G. Yayasan Perguruan Tinggi Kristen Duta Wacana, Yogyakarta
H. Yayasan Perguruan Tinggi Kristen Satya Wacana, Salatiga